Berdasarkan struktur organisasi Universitas Muhammadiyah Surakarta tahun 2025-2029, terdapat beberapa perubahan pada daftar lembaga:
- Biro Pengembangan Usaha menjadi Badan Pengembangan Usaha dan Investasi
- Lembaga Penjaminan Mutu menjadi Badan Penjaminan Mutu
- Biro Rektorat menjadi Sekretariat Universitas
- Biro Administrasi Akademik menjadi Direktorat Akademik dan Admisi
- Biro Kemahasiswaan menjadi Direktorat Kemahasiswaan dan Pengembangan Talenta Inovasi
- Sekolah Pasca Sarjana menjadi Direktorat Pascasarjana
- Biro Aset Universitas menjadi Direktorat Aset, Sarana, dan Prasarana
- Biro Keuangan menjadi Direktorat Keuangan
- Biro Teknologi Informasi menjadi Direktorat Sistem dan Teknologi Informasi
- Biro Pengembangan Sumber Daya Manusia menjadi Direktorat Sumber Daya Manusia dan Organisasi (DSDMO)
- Biro Kerjasama dan Urusan Internasional menjadi Direktorat Reputasi, Kemitraan, dan Urusan Internasional
- Lembaga Bahasa dan Ilmu Pengetahuan Umum menjadi Lembaga Pengembangan Mata Kuliah dan Layanan Bahasa
- Biro Inovasi Pembelajaran menjadi Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Inovasi Pembelajaran
- Perpustakaan & Pusat Layanan Digital menjadi UPT Perpustakaan dan Layanan Digital
- Biro Auditor Internal menjadi Satuan Audit Internal
- Lembaga Pengabdian Masyarakat & Pengembangan Persyarikatan menjadi Direktorat Riset, Pengabdian kepada Masyarakat, Publikasi, dan Sentra KI
- Lembaga Pengembangan Publikasi Ilmiah menjadi Direktorat Riset, Pengabdian kepada Masyarakat, Publikasi, dan Sentra KI
- Lembaga Riset dan Inovasi menjadi Direktorat Riset, Pengabdian kepada Masyarakat, Publikasi, dan Sentra KI
- Biro Perencanaan dan Pengembangan menjadi Badan Perencanaan dan Pengembangan
- Lembaga Pengembangan Pondok, Al-Islam, dan Kemuhammadiyahan
